Mặc dù in công nghiệp cao cấp có thể in nhựa, một số kim loại hoặc gốm sứ, nhưng những vật liệu không thể in được tương đối đắt và khan hiếm. Ngoài ra, máy in chưa đạt đến trình độ trưởng thành và không thể hỗ trợ tất cả các loại vật liệu trong cuộc sống hàng ngày.
Các nhà nghiên cứu đã đạt được một số tiến bộ trong việc in đa vật liệu, nhưng trừ khi những tiến bộ này hoàn thiện và hiệu quả, vật liệu vẫn sẽ là trở ngại lớn cho việc in 3D.
Công nghệ in 3D đã đạt đến trình độ nhất định trong việc tái tạo hình học và chức năng của vật thể. Hầu hết mọi hình dạng tĩnh đều có thể được in, nhưng khó đạt được những vật thể chuyển động và độ rõ nét của chúng. Khó khăn này có thể các nhà sản xuất có thể giải quyết được, nhưng nếu công nghệ in 3D muốn thâm nhập vào các gia đình bình dân và mọi người đều có thể in những gì mình muốn thì phải giải quyết được những hạn chế của máy.
Trong vài thập kỷ qua, quyền sở hữu trí tuệ trong ngành âm nhạc, điện ảnh và truyền hình ngày càng được quan tâm nhiều hơn. Công nghệ in 3D cũng sẽ liên quan đến vấn đề này, bởi nhiều thứ trong thực tế sẽ được phổ biến rộng rãi hơn. Mọi người có thể sao chép bất cứ thứ gì theo ý muốn và không có giới hạn về số lượng. Làm thế nào để xây dựng luật và quy định về in 3D để bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ cũng là một trong những vấn đề chúng ta gặp phải, nếu không sẽ ngập lụt.
Đạo đức là điểm mấu chốt. Điều gì sẽ vi phạm quy luật đạo đức thì khó xác định. Nếu ai đó in ra các cơ quan sinh học và mô sống, họ sẽ gặp phải những thách thức lớn về mặt đạo đức trong tương lai gần.
Chi phí của công nghệ in 3D cao. Máy in 3D đầu tiên được bán với giá 15000. Nếu muốn phổ biến tới công chúng thì việc giảm giá là cần thiết nhưng sẽ xung đột với giá thành.
Khi bắt đầu sự ra đời của mỗi công nghệ mới, chúng ta sẽ phải đối mặt với những trở ngại tương tự này, nhưng chúng tôi tin rằng việc tìm ra giải pháp hợp lý thì sự phát triển của công nghệ in 3D sẽ nhanh chóng hơn, giống như bất kỳ phần mềm kết xuất nào, có thể được cập nhật liên tục để đạt được sự cải thiện cuối cùng